Στην περιοχή του Βατοχωρίου υπάρχει ερειπωμένο κάστρο της εποχής του Ιουστινιανού. Ερείπια οικισμού βυζαντινών χρόνων εντοπίστηκαν στο χωριό Ανάργυροι, ενώ λίγο έξω από τον οικισμό Φλάμπουρο διακρίνεται εγκαταλελειμμένο βυζαντινό κάστρο. Στο χωριό Βεύη (ομώνυμη αρχαία πόλη) διασώζεται η μικρή μονόχωρη εκκλησία του Αγίου Νικολάου, ίδρυμα της οικογένειας του ιερέα Δούκα, που διακοσμήθηκε με τοιχογραφίες το 1460 και αποτελεί σημαντικό σύνολο της σχολής ζωγραφικής της Αχρίδας του 15ου αι.

Το λεκανοπέδιο των Πρεσπών, που συνδυάζει τη φυσική άμυνα και απομόνωση με την αφθονία των υδάτων και την ευφορία του εδάφους, αναπτύχθηκε ως στρατιωτικό και εμπορικό πέρασμα. Το ιδιαίτερο φυσικό τοπίο συμπληρώνουν τα πολυάριθμα βυζαντινά και μεταβυζαντινά μνημεία, μέσα από τα οποία παρουσιάζεται μία ποικιλία αρχιτεκτονικών τύπων και καλλιτεχνικών ρευμάτων:

Ο ναός του Αγίου Γερμανού στο ομώνυμο χωριό είναι εγγεγραμμένος σταυροειδής με τρούλο και νάρθηκα. Ιδρύθηκε στις αρχές του 11ου αι. και τιμάται στη μνήμη του αγίου Γερμανού, πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως. Στο εσωτερικό του σώζονται αλλεπάλληλα στρώματα ζωγραφικής, τα οποία καλύπτουν χρονολογικά επτά αιώνες, συνιστώντας ένα συνοπτικό πανόραμα βυζαντινής και μεταβυζαντινής αγιογραφίας, με τελευταίες και σε μεγαλύτερη έκταση τις τοιχογραφίες του 1743, έργο των γνωστών ζωγράφων Κωνσταντίνου και Αθανασίου από την Κορυτσά. Ο ναός είναι πιθανό να λειτούργησε ως επισκοπικός ναός των Πρεσπών, μετά την εγκατάλειψη της βασιλικής του Αγίου Αχιλλείου. Το 1882 κτίστηκε μια ευμεγέθης τρίκλιτη βασιλική, αφιερωμένη στον ίδιο άγιο, η οποία προσκολλήθηκε στο δυτικό τοίχο του βυζαντινού ναού.

Κοντά στο χωριό Πύλη βρίσκεται σε ερειπιώδη κατάσταση ο ναός του Αγίου Νικολάου. Πρόκειται για τρίκογχο σταυροειδή εγγεγραμμένο ναό με τρούλο και χρονολογείται στο δεύτερο μισό του 12ου αι. Η μοναδική κάτοψη και ανωδομή του, η σπάνια διάρθρωση των όψεων με το πλινθοπερίκλειστο σύστημα δομής και τα τόξα με την εναλλαγή δόμων και πλίνθων καθιστούν το μνημείο ένα από τα πιο σημαντικά αυτής της περιόδου στη Μακεδονία.
Στα τέλη του 14ου ή στις αρχές του 15ου αι. χρονολογούνται λείψανα τοιχογραφιών στο ναό της Υπαπαντής στο Λαιμό, μονόχωρη εκκλησία μικρών διαστάσεων με νεότερες επισκευές, ενώ στο χωριό Πλατύ διατηρείται η μικρή μονόχωρη ξυλόστεγη εκκλησία του Αγίου Νικολάου, που κτίστηκε και διακοσμήθηκε με τοιχογραφίες το 1591, έργο ντόπιου εργαστηρίου.

Ένα από τα πλέον χαρακτηριστικά, ενδιαφέροντα και μοναδικά στοιχεία της περιοχής είναι τα λεγόμενα ασκηταριά με τις βραχογραφίες τους, διαχρονικά μνημεία της έντονης παρουσίας μικρών μοναστικών κοινοτήτων και αναχωρητών. Δείγματα ζωγραφικής από το 14ο και 15ο αι. διατηρούνται σε δύο μικρά ερειπωμένα ασκηταριά κοντά στους Ψαράδες (βραχογραφίες).

Πιο μακριά από τον οικισμό, στα παράλια της Μεγάλης Πρέσπας, διατηρούνται λείψανα και άλλων μικρών μοναστικών ιδρυμάτων, όπως το ασκηταριό της Μεταμόρφωσης (13ος αι.), από το οποίο σώζονται η μικρή μονόχωρη καμαροσκέπαστη εκκλησία και ορισμένα ίχνη από τα κελιά των μοναχών, και το ασκηταριό της Μικρής Ανάληψης, μικρή μονόχωρη καμαροσκέπαστη εκκλησία κτισμένη σε μια εσοχή του βράχου, όπου διατηρείται ζωγραφική του τέλους του 14ου αι. Το μνημείο πρόσφατα αναστηλώθηκε από την Αρχαιολογική Υπηρεσία. Τέλος, στο ασκηταριό της Θεοτόκου Ελεούσας, που είναι και το μεγαλύτερο, από το εκτεταμένο συγκρότημα κελιών και άλλων βοηθητικών χώρων μέσα στο τεράστιο σπήλαιο διατηρείται σήμερα μόνο η μονόχωρη καμαροσκέπαστη εκκλησία με πλούσια ζωγραφική απομίμηση κεραμοπλαστικού διακόσμου στην όψη. Κτίστηκε από τον ιερομόναχο Σάββα και τους μοναχούς Ιάκωβο και Βαρλαάμ το 1410, σύμφωνα με τη σχετική κτητορική επιγραφή, ενώ τις τοιχογραφίες, που συνιστούν ένα από τα σημαντικότερα ζωγραφικά σύνολα της πρώιμης τουρκοκρατίας στη Δυτική Μακεδονία, ζωγράφισε ο ιερομόναχος Ιωαννίκιος.

Στο νησάκι του Αγίου Αχιλλείου διατηρούνται αξιόλογα μνημεία:

Η εκκλησία του Αγίου Αχιλλείου είναι τρίκλιτη ξυλόστεγη βασιλική με νάρθηκα και τρούλους στα παραβήματα, μία από τις μεγαλύτερες βασιλικές του 10ου αι. στο χώρο της Μακεδονίας. Ο ναός ιδρύθηκε μεταξύ των ετών 986 - 990 από το Βούλγαρο τσάρο Σαμουήλ με σκοπό να δεχθεί το λείψανο του αγίου Αχιλλείου, πολιούχου της Λάρισας. Τα κλίτη χωρίζονται μεταξύ τους με δύο πεσσοστοιχίες, που η καθεμιά τους αριθμεί επτά πεσσούς. Στη μεγάλη ημικυκλική αψίδα σχηματίζεται βαθμιδωτό σύνθρονο, στοιχείο που αποδεικνύει τη χρήση του ναού ως επισκοπικού. Πράγματι, ο ναός ιδρύθηκε ως επισκοπικός, προκειμένου να στεγάσει την έδρα του βουλγαρικού πατριαρχείου για ένα σύντομο διάστημα, μετά τη μεταφορά του από την Έδεσσα. Μετά την παλινόρθωση της βυζαντινής κυριαρχίας στην περιοχή, από το 1018 και εξής, ο ναός λειτούργησε ως επισκοπικός έως τις πρώτες δεκαετίες του 15ου αι.

Παρά τις αλλεπάλληλες καταστροφές και λεηλασίες του από διάφορους επιδρομείς, οι κάτοικοι της περιοχής τον ανακατασκευάζουν και συνεχίζουν να τον χρησιμοποιούν ως βασικό λατρευτικό κέντρο μέχρι και τα μέσα του 15ου αι. Σήμερα δε σώζεται ολόκληρος, ωστόσο διατηρεί πολλά στοιχεία που μας επιτρέπουν να ανασυνθέσουμε την πλήρη εικόνα του, ενώ κατά τη διάρκεια των ανασκαφών εντοπίστηκαν σημαντικά ευρήματα (τάφοι επιφανών προσώπων, γλυπτά, τοιχογραφίες, καθώς και τμήμα μεταξωτού χρυσοΰφαντου υφάσματος κ.α.). Στο διακονικό σώζεται κιβωτιόσχημος τάφος, πιθανώς του Αγίου Αχιλλείου. Τα λιγοστά λείψανα του τοιχογραφικού διακόσμου που έχουν διασωθεί κατανέμονται σε δύο φάσεις, οι οποίες φαίνεται πως συμβαδίζουν με τις αντίστοιχες ανακαινίσεις του ναού: στις πρώτες δεκαετίες του 11ου αι. ανήκει ο ανεικονικός διάκοσμος της κόγχης του ιερού, ενώ στη δεύτερη φάση, που χρονολογείται στο 12ο αι., ανήκουν οι λιγοστές μορφές των στρατιωτικών αγίων, της Παναγίας και ενός αγγέλου που αποκολλήθηκαν και εκτίθενται στο Μουσείο της Φλώρινας. Τα τεχνοτροπικά γνωρίσματά τους παραπέμπουν σε καστοριανές τοιχογραφίες του 12ου αι.

Σε ερειπιώδη κατάσταση βρίσκεται ο ναός των Αγίων Αποστόλων. Πρόκειται για μικρών διαστάσεων τρίκλιτη βασιλική με νάρθηκα, που κτίστηκε τον 11ο ή 12ο αι. δίπλα σε ερείπια οχύρωσης και ενός ελληνιστικού κτηρίου. Σε παρόμοια κατάσταση διατηρείται και ο ναός του Αγίου Δημητρίου, που χρονολογείται στα τέλη του 14ου αι., ενώ ο ’γιος Γεώργιος είναι μονόχωρη ξυλόστεγη εκκλησία με ανοικτή στοά στη νότια πλευρά και σήμερα λειτουργεί ως κοιμητηριακός ναός. Οι τοιχογραφίες στο εσωτερικό χρονολογούνται στα τέλη του 15ου αι. και αποτελούν δείγμα της λαϊκότροπης εκκλησιαστικής ζωγραφικής της περιοχής.

Από τα σημαντικότερα μνημεία στο νησάκι και στην ευρύτερη περιοχή είναι ο ναός της Παναγίας Πορφύρας, μονόχωρη εκκλησία με μεταγενέστερο νάρθηκα, που αποτελούσε το καθολικό ερειπωμένης σήμερα μονής. Στο εσωτερικό διατηρείται τοιχογραφικός διάκοσμος σε δύο φάσεις: στα 1524 χρονολογούνται οι τοιχογραφίες του δυτικού τοίχου του κυρίως ναού, ενώ στα 1741 διακοσμήθηκε ο πρόσθετος χώρος του νάρθηκα από τους αδελφούς ζωγράφους Κωνσταντίνο και Αθανάσιο από την Κορυτσά.

Ο 19ος αι. αντιπροσωπεύεται από πολλά αρκετά καλά διατηρημένα εκκλησιαστικά μνημεία, τα οποία διακρίνονται σε δύο κατηγορίες: μονόχωροι δρομικοί ναοί και τρίκλιτες ξυλόστεγες βασιλικές. Στην περιοχή των Πρεσπών αξιόλογα μνημεία της πρώτης κατηγορίας είναι ο Άγιος Αθανάσιος στην Καλλιθέα, ο Άγιος Αθανάσιος στην Οξυά, ο Άγιος Αθανάσιος στον Άγιο Γερμανό (1816), η Αγία Παρασκευή (1868) και ο Άγιος Αθανάσιος στη Μικρολίμνη (1908), ενώ στη δεύτερη κατηγορία, εκτός από το δεύτερο ναό του Αγίου Γερμανού στον ομώνυμο οικισμό, αναφέρουμε την Αγία Παρασκευή στο Λαιμό (1896), την Κοίμηση της Θεοτόκου στους Ψαράδες (1893), την Αγία Παρασκευή στον Πυξό (1899) κ.α. Αξιοπρόσεκτα χαρακτηριστικά των τρίκλιτων βασιλικών της περιοχής είναι η απουσία της ανοικτής εξωτερικής στοάς, τα εντοιχισμένα λιθανάγλυφα στην εξωτερική τοιχοποιία και η κατασκευή από μπαγδατί, σε σχήμα ημικυλινδρικής καμάρας, στην οροφή του κεντρικού κλίτους.

Μερικοί ακόμη αξιόλογοι ναοί του 19ου αι. από το νομό είναι ο Άγιος Νικόλαος στο Αμύνταιο (τρίκλιτη βασιλική του 1821), ο Άγιος Νικόλαος στο Τρίγωνο (τρίκλιτη βασιλική του 1866), ο Άγιος Νικόλαος στην Αγία Παρασκευή (τρίκλιτη βασιλική του 1856), ο Άγιος Αθανάσιος στο Ανταρτικό (τρίκλιτη βασιλική του 1864 ή του 1882), ο Άγιος Γεώργιος στη Δροσοπηγή (μονόχωρος δρομικός ναός του πρώτου τέταρτου του 19ου αι.), η Γέννησις της Θεοτόκου στις Κάτω Κλεινές (μονόχωρος δρομικός ναός του 1838) κ.α.

Στον οικισμό του Πισοδερίου διατηρείται ο ναός της Αγίας Παρασκευής, τρίκλιτη ξυλόστεγη βασιλική κτισμένη στα θεμέλια παλαιότερης εκκλησίας, της Μικρής Παναγιάς, επισκευασμένη το 1848. Το λίθινο επιβλητικό καμπαναριό της κτίσθηκε στο 1902, ενώ το παρεκκλήσι του Αγίου Χαραλάμπους, δίπλα στο μεγαλύτερο ναό, έχει ιστορική αξία, καθώς εκεί τάφηκε και βρισκόταν η κεφαλή του Παύλου Μελά από το 1904 έως το 1907.

Σε απόσταση 4 χλμ. δυτικά του Πισοδερίου βρίσκεται η Ιερά Μονή της Αγίας Τριάδας. Η τοπική παράδοση διασώζει πολλούς θρύλους για τη μονή, ενώ σύμφωνα με αυτή κτίστηκε στα 1050, χρονολογία για την οποία δεν υπάρχει, ωστόσο, καμία αρχαιολογική ή ιστορική μαρτυρία. Από τα παλαιά κτίσματα της μονής (κελιά, αποθήκες κ.α.) δεν έχει απομείνει τίποτε. Το σημερινό καθολικό, μονόχωρος τρουλαίος ναός με νάρθηκα, είναι κτίσμα του 19ου αι. Το 1905 η μονή κάηκε από τους κομιτατζήδες και τότε καταστράφηκαν κώδικες, περγαμηνές και όλο το αρχειακό της υλικό.